１．１枚ずつでも出来ます。
読み込んだ全ての写真をコレクションに登録なさりたいのかと思いました。失礼しました。
グリッド表示の中から任意の写真を１枚ないし複数選択して、登録したいコレクションフォルダにドラッグすれば入れることが出来ます。
これはすでにコレクションフォルダが作られている場合で、画像を選択してからあらたなコレクションを作成したい場合は、コレクションの横にある＋をクリックして、「コレクションを作成」で開い たダイアログでコレクション名を入力し、オプションの「選択した写真を含める」にチェックを入れておけば、コレクション作成と同時に写真もそのコレクションに登録されます。
その後そのコレクションに別の写真を登録したい場合は、前述のようにドラッグします。
２．ハードディスクに残っているのであれば、再び読み込みを行えば、除去した写真も再度表示されます。
あるいは、フォルダーパネルで目的のフォルダー名の上で右クリックするとコンテキストメニューが出ますので、その中から「フォルダーを同期」を選ぶと、そのフォルダー内で読み込まれていない写 真の枚数が出ますので、同期すると読み込まれます。
再びLightroomに表示されるようになれば、新たな編集は可能です。
ただし、以前の現像設定は消えているかも知れません。（除去する前に「メタデータをファイルに保存」という動作をした場合は、残っていると思います。）
３．前回も書きましたが、コレクションに登録される写真は、Lightroom上だけのバーチャルな分身だとお考え下さい。
その証拠に、Lightroomで作成したコレクションフォルダは、エクスプローラーやFinderなどファイルのディレクトリを表示するアプリでは出てきません。
あくまでLightroomを使っている時だけ分類されているのです。
コレクションはいくつでも作ることが出来、それぞれのコレクションの中に同じ写真を登録することも可能です。
実際のフォルダでこれを行おうと思ったら、ファイルのコピーを作成しないと複数のフォルダには格納できませんよね？
繰り返しになりますが、実際にファイルが保存されているフォルダとリンクしているのは、フォルダパネルのフォルダです。
そのフォルダの使い方がよくお分かりにならないということでしょうか？
読み込みによってフォルダーが作られるというのは間違ってはいませんが、それは読み込みの際にユーザーが任意の場所にフォルダーを作ることを指定したから、そこにフォルダーが作られたのです。
ちなみに読み込みの手順はどうなっていますでしょうか？
通常は、デジカメのメモリーカードから読み込む際は「コピー」を、すでにハードディスクに保存されている写真を読み込む際は「追加」を選択します。
ほとんどの初心者の方が最初にここでつまずくのですが、ハードディスクに保存されている写真を、あらたにほかの場所にコピーや移動することなく保存されている場所から読み込む場合は「追加」です。
メモリーカードを読み込むのと同様にコピーを選んでしまうと、読み込みと同時に別の場所にあらたなコピーが作られてしまいます。
これはLightroomのカタログでは管理されていますが、肝心な最初の目論見としてハードディスクに保存してあった写真とは連携しておらず、管理もされません。
フォルダーパネルにあるフォルダーの扱いがお分かりにならないと言うのは、自分がハードディスクから読み込んだはずのフォルダーとは違うフォルダーがそこに表示されているからということではな いでしょうか？
だとすれば、それはコピーして読み込んだためです。
お調べになれば、あらたなコピーがどこかに作られているはずです。
初期設定のままであれば、ピクチャフォルダ（マイピクチャ）の中に、日付別のフォルダが作られてそこにコピーされているはずです。
Lightroomのカタログから「除去」されるのは、カタログパネルの「すべての写真」「前回の読み込み」で表示している時か、フォルダーパネルのフォルダーを指定して表示している時です。
この時deletを押すと、除去するか、削除するかのダイアログが出ます。
その違いは前回書きました。
Lightroomの「読み込み」というのは、ファイルがどこにあるかということをカタログに登録する作業だとお考え下さい。
カタログにファイルとのリンク（ファイルパス）が記録されていきます。
ファイルを「除去」するという意味は、カタログの登録を抹消するということです。
なのでLightroomとの関係性は絶たれますが、ファイル自体は元のフォルダにとどまっています。
再度読み込む方法は、２．に書きました。