Windows7 64bit Lightroom5.3
という全く同じ環境で使っていますが、自分も全く同じ現象で困っています。
ただし、違うのは、そちらでは 「この現象は写真データでは発生しません」 だそうですが、
こちらでは、写真データでその現象が出ます。 動画データは、すみません、試していません。
Lightroom2 の時にはこの問題はありませんでした。
4 にアップグレードした時から、この問題が出ました（３は使っていないので、わかりません）。
今回 5.3 にアップグレードしてみると、やはり同じ現象が出るので、困っているところです。
整理上、非常に（致命的なくらいに）不便です。
このリンク↓を見ると、1.0 の頃に不具合があって、1.1 で修正されたように見えます。
http://kb2.adobe.com/jp/cps/231/231891.html
ですが実際は、このように 5.3 でも起きています。
Lightroomの不具合なのか、カメラとの相性などがあるのか、対処方法はあるのか、情報が欲しいです。
使用しているカメラは Canon EOS KISS X です。 WindowsPC に USB ケーブルでつないで読み込みをしています。
※解決にならないばかりか便乗質問のような形ですみません。