photographer1 さん、
ちょっと状況がよく分からないなあ、と思って調べてみたのですが、最新の Lightroom CC では切り替え前のカタログデータを新しいカタログにダウンロードするようになっていたんですね。同期カタログを切り替えることはほとんどないので気づきませんでした。
別の Lightroom デスクトップカタログと Lightroom for mobile を同期する方法
実際に確かめたわけではないので推測になりますが、上のページを見ると、旧カタログのデータはコレクションパネルの「Lr mobile から」の中にぶら下がっているようなので、これらの同期を解除すれば対象のデータは Web 上から消えるのではないでしょうか。
はずしているようでしたらごめんなさい。